Producto de una gran sublevación mapuche que se inició el año 1654 y perduró hasta 1662, en la zona fronteriza al norte y sur del río Biobío, se produjo un despoblamiento masivo. Frente a esta situación, a fines del gobierno de Pedro Porter (1656-1662) se llevó a cabo un progresivo avance militar que trajo como consecuencias el establecimiento de nuevos enclaves fortificados, entre ellos el de Lota. El fin de esto era recuperar la antigua línea de frontera del Biobío, incluida su prolongación costera que alcanzaba hasta la Plaza Fuerte de Arauco. Porter eligió un sitio desde el cual pudiera vigilar el camino de la costa, especialmente el sector de Marigüeñu o Villagrán, y también a los numerosos indios de la vega de Colcura, sin estar en inmediato contacto con ellos. Este sitio debía estar a la orilla del mar, para prever el caso de una retirada o para recibir auxilios. Fue así como en 1661 se fundó el Fuerte de Lota.
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