En 1889 llega a Chile contratado por el gobierno para realizar algunas obras públicas el arquitecto Eugéne Joannon. Una vez que decide quedarse en Chile, el Arzobispado lo contrata para construir varias iglesias entre ellas la Iglesia de Santa Filomena en 1892, la cual será terminada en 1894 gracias a la labor del Padre Ruperto Marchant Pereira, quien será el primer párroco de la iglesia.
En un inicio es conocida como iglesia del Patronato de Santa Filomena respondiendo a la necesidad surgida luego de la publicación de la Encíclica Rerum Novarum en 1891 de evangelizar a los obreros y sus familias, transformándose en un hito arquitectónico y cultural del barrio Recoleta.
La Iglesia Santa Filomena es de estilo neogótico con una planta en forma de cruz donde Joannon demuestra un total dominio e ingenio en el diseño del volumen, la espacialidad y detalles. En su frontis hay una imagen de la Virgen y el niño Jesús con los brazos abiertos. Su interior cuenta con hermosos vitrales de origen francés que relatan la historia de Santa Filomena y pinturas simbólicas en las que predominan el marrón y dorado
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