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El área declarada santuario de la naturaleza posee una superficie aproximada de 115,2 hectáreas y se encuentra emplazada en la comuna de Caldera, provincia de Copiapó, Región de Atacama y área abarca la laguna estuarial y bancos medios estuariales. Este sistema lacustre presenta una variedad de especies vegetales hidrófilas, siendo un sitio de nidificación de avifauna y albergue de aves migratorias, por lo que constituye un paraje de alto valor ecológico.
El humedal del río Copiapó posee como principal aporte de agua el río Copiapó, el cual cumple un rol fundamental en el tamaño y condición del humedal, aun cuando en los últimos años el caudal se ha visto muy disminuido. A su vez, la zona litoral de playa Las Salinas, donde desemboca el río Copiapó, presenta elementos geomorfológicos y bióticos que incluyen una barrera arenosa que genera un humedal costero asociado.
Ademas el humedal de la desembocadura del río Copiapó, junto a las lagunas y salinas costeras, corresponde a un sistema único en una matriz desértica. Actualmente, está conformado por una extensa laguna en dirección norte, separada de la playa por bancos de arena estabilizados, en donde se produce la convergencia de aguas marinas, fluviales y pluviales. En el área propuesta existen dos tipos de cuerpos de aguas: los cauces con aguas circulantes que corresponden principalmente al río Copiapó y las lagunas costeras, ubicadas al norte de la desembocadura.
En cuanto a la composición florística, según los estudios de línea base y monitoreos realizados en la desembocadura del río Copiapó, en el área propuesta se han identificado aproximadamente 54 especies nativas, de las cuales 16 son especies endémicas.y respecto a avifauna, se registran aproximadamente 119 especies de aves, de las cuales dos son endémicas: churrete costero (Cinclodes nigrofumosus) y canastero chileno (Pseudasthenes humicola), y 19 especies se encuentran clasificadas por el Reglamento de Clasificación de Especies ("RCE").
El humedal de la desembocadura del río Copiapó es un importante hábitat de aves migratorias que provienen del humedal río Loa y de aves acuáticas, varias de las cuales encuentran en este sitio el límite norte para su distribución en el país, tales como el cisne coscoroba (Coscoroba coscoroba), el siete colores (Tachuris rubrigastra), el perrito (Himantopus mexicanus), el trile (Agelasticus thilius) y el colegial austral (Lessonia rufa) y en el área del santuario se han identificado al menos siete especies de reptiles endémicas y, aproximadamente, cinco especies de mamíferos, que se encuentran clasificadas en alguna categoría de conservación por el RCE.
Respecto de los mamíferos, se ha registrado un total de 8 especies nativas, de las cuales cinco especies se encuentran clasificadas en alguna categoría de conservación por el RCE, tales como Guanaco (Lama guanicoe), Zorro culpeo (Lycalopex culpaeus), Zorro chilla (Lycalopex griseus), Lobo marino (Otaria flavescens) y Llaca (Thylamys elegans).
En relación con la presencia de invertebrados, destaca la especie Cryphiops caementarius (camarón de río del norte), que dentro del área propuesta se encuentra restringido al río Copiapó, tanto en el sector del Puente Puerto Viejo como en Las Chacras y en la desembocadura. Este se encuentra clasificado Vulnerable según el RCE. Asimismo, destacan ejemplares de abejas nativas registradas en el área propuesta como santuario de la naturaleza.
El santuario de la naturaleza Humedal Desembocadura Río Copiapó tendrá como objetos de conservación los siguientes: humedal (río Copiapó y lagunas); vegetación hidrófita y flora del humedal; matorral desértico costero; avifauna residente y migratoria; invertebrados acuáticos, reptiles y mamíferos en categorías de conservación y patrimonio paleontológico.
