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El sector de Ojo de Opache se encuentra inserto en un ambiente hiperárido y es considerado de gran relevancia para el desarrollo de la flora y fauna del norte del país.
Respecto de su vegetación, destaca la asociada a los cursos de agua, tanto en la quebrada Ojo de Opache como en la caja del río San Salvador, en particular la vegetación azonal hídrica dominada por juncos, chilcas y breas. Además, el sector está inserto en los pisos vegetacionales: Matorral bajo desértico interior de Adesmia atacamensis y Cistanthe salsoloides, y desierto tropical interior con vegetación escaza. Estos diferentes ecosistemas constituyen el hábitat de fauna endémica y altamente amenazada.
El área propuesta también cuenta con un alto valor por sus sitios arqueológicos y paleontológicos, que permiten reconocer, estudiar e interpretar la historia más reciente del poblamiento del norte de Chile y la evolución de la vida en este territorio. A su vez, es reconocida como de interés turístico a nivel local, aprovechando el paisaje para actividades de excursión y otras prácticas deportivas.
En dicha área existen un total aproximado de 15 especies de plantas vasculares, de las cuales 11 son nativas, y constituyen hábitat esencial para la fauna.
En relación a la fauna se reconocen al menos 19 especies nativas, destacando el pejerrey del Loa y la ranita del Loa, ambas amenazadas en categorías de "En peligro" y "En peligro crítico", respectivamente. También hay presencia de caracol Heleobia opachensis, endémico de la quebrada Ojo de Opache.
