A partir de la década de 1860 el país inicio una profunda labor orientada a modernizar la educación nacional, un proceso de gran trascendencia en el marco del cual se dispuso como anexo del Instituto Pedagógico la fundación en 1892 del Liceo de Aplicación. Su objetivo era que los futuros maestros aplicaran las enseñanzas recibidas y en particular los nuevos principios de pedagógicos fortaleciendo su formación docente.
En sus inicios, siendo su primer rector Jorge Enrique Schneider, contaba con sólo un curso de 16 alumnos en un salón de la casa que era arrendada por el Estado para el alojamiento de los profesores alemanes contratados por el Instituto Pedagógico. En 1894 se traslada a su actual ubicación en calle Ricardo Cummings convirtiéndose en uno de los mejores ejemplos de la educación pública chilena.
Durante su más de un siglo de existencia, la institución ha logrado reunir una importante cantidad de bienes y materiales de gran valor patrimonial. Colecciones de libros, óleos, muebles, instrumentos científicos, actas y otros documentos, son parte de los vestigios de la historia del liceo, que además dan cuenta de la historia educacional del país.
La colección de bienes muebles de la Rectoría, Secretaria de Rectoría, Inspectoría General, Laboratorios de Física , Biología y Química, Biblioteca Bodega y Entrada, Sala de Música, Inspectoría y Sala Túnel del Liceo de Aplicación constituyen un testimonio material del rol que ha cumplido dicho Liceo en la educación y en la vida nacional.
La protección de estos bienes mediante su declaración como Monumento Nacional, fue gracias al Programa de Patrimonio Educativo, impulsado por el Ministerio de Educación, el Consejo de Monumentos Nacionales y UNESCO.
